Tem 200 visinhos que se dividem por duas Paroquias huma é dedicada a Santo Amaro, cuja imagem foy achada no próprio lugar, em que está a Igreja, à qual concorrem muitos devotos Romeiros todo o ano (…)» (Padre A. C. Costa. Corografia Portuguesa…, 1708). O topónimo da freguesia «Santo Amaro» terá tido provavelmente aqui a sua origem.
No século XVIII, a «Aldeia de Santo Amaro» era considerada uma «freguesia de campo», desprovida de centralidade urbana, dado que os 16 vizinhos que a compunham se encontravam dispersos por montes. A aldeia propriamente dita, ou seja, uma urbanização estruturada à semelhança do que existe hoje, terá começado a surgir apenas na viragem do séc. XVIII para o séc. XIX, como evolução natural da fixação da população rural na aldeia, incentivada pelo aforamento de terras e pela oferta de trabalho nas explorações agrícolas circundantes.
Santo Amaro pertenceu ao extinto Concelho de Veiros até 1855. Nesse ano, foi anexada ao Concelho de Fronteira, o qual integrou até se transferir para o Concelho de Sousel, pelo Decreto-lei n.º 22.009, de 21 de Dezembro de 1932. A então nova freguesia do Concelho de Sousel foi presenteada com um conjunto de melhoramentos, que conferiram à freguesia de Santo Amaro uma nova centralidade. Entre 1934 e 1936, a freguesia de Santo Amaro é dotada de um «distribuidor rural» (responsável pela distribuição da correspondência local), de luz pública (ainda a petróleo), de um novo cemitério, de um edifício escolar e de uma verba para a construção de um posto médico na aldeia.
O jornal estremocense Brados do Alentejo, referiu-se assim relativamente à inauguração da luz pública em Santo Amaro: «Hoje, porém, dia 16 de Abril, homens, mulheres e crianças, todos em idêntica confraternização, esperavam com delírio e desejo a hora aprazada do acender de luzes. (…) Até que enfim se viu o primeiro candeeiro aceso, e logo a seguir todos os outros» (23 de Abril de 1933).